Как-то так:

[ivr-1-custom]
exten => 123,1,Goto(bad-number,1)
exten => 124,1,Goto(bad-number,1)
exten => _X.,1,NoOP()
exten => bad-number,1,Playback(tt-weasels&tt-monkeys)
exten => bad-number,n,Macro(hangupcall,)

Как вариант, вылавливать тем же способом через [ivr-1(2,3,4)-custom] в extensions_custom.conf.

Нет. В Custom contexts необходимо создать контекст, например с именем ext-local-deny-intercom,
в extensions_custom.conf необходимо добавить
[ext-local-deny-intercom-custom]
...

Попробуйте сами, создайте Custom context с именем ext-local-deny-intercom, сделайте asterisk -rx "dialplan show ext-local ...

C домофонов ограничить через Custom Context (разрешить только ext-local).

А входящие внутренние вызовы на домофоны ограничить, например создав custom context для этого,
в extensions_custom.conf добавить секцию (123,124 как пример номера домофонов):
[имя-custom-контекста-custom]
exten => 123,1,Goto ...