В общем, виноват измененный файл .htaccess, он стал вида:
Order Deny,Allow
deny from all
<Files subdirectory/*>
deny from all
</Files>
<FilesMatch "\..*$">
Deny from all
</FilesMatch>
<FilesMatch "(^$|index\.php|config\.php|\.(gif|GIF|jpg|jpeg|png|css|js|swf|txt|ico|ttf|svg|eot|woff|wav|mp3|aac ...

